Obecny Wydział Nauk Ekonomicznych Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (b. Wydział Inżynieryjno-Ekonomiczny Rolnictwa, b. Wydział Ekonomiczno-Rolniczy) nawiązuje do wydarzeń w początkach XIX wieku, a więc uruchamiania wyższego szkolnictwa rolniczego w Warszawie. W Instytucie Agronomicznym w Marymoncie (1820-1840), do którego tradycji nawiązuje Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego, a następnie w Instytucie Gospodarstwa Wiejskiego i Leśnego (1840-1862), pierwszej uczelni rolniczej w Polsce, wykładano naukę zarządu gospodarskiego, rachunkowość gospodarczą oraz statystykę rolniczą i leśną. Zajęcia z tego zakresu prowadził Dyrektor Instytutu prof. Michał Oczapowski.

Na Wydziale Rolniczym Towarzystwa Kursów Naukowych w Warszawie, utworzonym w 1906 roku, jako zalążku przyszłej Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego, wykładana była ekonomia polityczna, administracja, organizacja, taksacja, rachunkowość i prawo rolne. W okresie międzywojennym w SGGW istniały 3 katedry ekonomiczne: Polityki Agrarnej, Polityki Ekonomicznej i Ekonomiki Gospodarstw Wiejskich. Prowadzono wykłady z ekonomiki społecznej, ekonomiki gospodarstw drobnych, ekonomiki ogrodnictwa, handlu ogrodniczego, metodyki badań ekonomicznych, zarządzania i kierownictwa oraz spółdzielczości.

Do prekursorów Wydziału należałoby zaliczyć dyrektora Instytutu Agronomicznego w Marymoncie prof. Michała Oczapowskiego, a także prof. Stefana Moszczyńskiego. W 1916 roku na posiedzeniu Rady Wydziału Wyższej Szkoły Rolniczej rozważano projekt powołania Wydziału Ekonomiczno-Rolniczego. Starania o to prowadzili prof. Zdzisław Ludkiewicz oraz prof. Władysław Grabski, jednak podjęta inicjatywa nie powiodła się. Próbę utworzenia w SGGW Wydziału Ekonomicznego podjęto w początku lat 50., w co najbardziej zaangażowani byli profesorowie: Jan Tepicht, Stefan Ignar i Ryszard Manteuffel. Zarządzeniem Ministra Szkolnictwa Wyższego z 13 sierpnia 1953 roku powołano Wydział Inżynieryjno-Ekonomiczny Rolnictwa, z katedrami: Ekonomiki Rolnictwa, Planowania i Statystyki Rolniczej, Urządzeń Rolnych, Geografii Gospodarczej, Ekonomii Politycznej, Polityki Agrarnej oraz Organizacji i Planowania Socjalistycznych Przedsiębiorstw Rolnych. Pierwszym dziekanem został prof. Stefan Ignar, a prof. Ryszard Manteuffel prodziekanem.

Pod koniec 1956 roku Rada Wydziału wystąpiła z wnioskiem o zmianę nazwy na Wydział Ekonomiczno-Rolniczy. Nazwa ta obowiązywała od 1958 do końca 2007 roku. Od 1 stycznia 2008 roku obowiązuje obecna nazwa: Wydział Nauk Ekonomicznych.

Początkowo wszystkie katedry Wydziału, biblioteka oraz dziekanat znalazły siedzibę na czwartym piętrze pawilonu C przy ul. Rakowieckiej 8, zaś na początku 1957 roku Wydział przeniesiono do Ursynowa, do budynku numer 7, gdzie funkcjonuje do dziś. Budynek numer 5 przekazano Wydziałowi w latach 90. XX wieku, zaś budynek numer 6 na początku obecnej dekady.

Struktura organizacyjna Wydziału ulegała zmianom. Do 1961 roku ukształtowała się katedralna struktura Wydziału, w ramach której funkcjonowały katedry: Ekonomii Politycznej, Polityki Agrarnej, Ekonomiki Socjalistycznych Przedsiębiorstw Rolnych, Planowania i Statystyki Rolniczej, Ekonomiki Rolnictwa, Urządzeń Rolnych, Spółdzielczości i Obrotu Towarowego oraz Geografii Gospodarczej. W 1961 roku utworzono Katedrę Budownictwa Wiejskiego, Katedrę Pedagogiki oraz Katedrę Teorii i Organizacji Pozaszkolnej Oświaty Rolniczej.

Zmiany organizacyjne dokonane w 1970 roku doprowadziły do utworzenia na Wydziale trzech instytutów: Ekonomiki Rolnictwa i Polityki Agrarnej, Ekonomiki i Organizacji Gospodarstw Rolniczych oraz Oświaty Rolniczej. Z Wydziału wyłączono: Katedrę Statystyki Rolniczej, Zakład Budownictwa Wiejskiego, Zakład Podstaw Filozofii. W 1976 roku powołano Zakład Rolnictwa Światowego, a w 1982 roku przekształcono go w katedrę. W 1982 roku z Instytutu Oświaty Rolniczej wyodrębniono Katedrę Pedagogiki oraz Katedrę Socjologii i Doradztwa Rolniczego.

Dnia 1 stycznia 1992 roku powołano 8 Katedr: Ekonomii i Polityki Gospodarczej, Ekonomiki Rolnictwa, Polityki Agrarnej i Marketingu, Ekonomiki i Organizacji Gospodarstw Rolniczych, Pedagogiki, Socjologii i Doradztwa Rolniczego, Rolnictwa Światowego, a także Ekonometrii i Informatyki. W 2000 roku połączono Katedrę Pedagogiki, Katedrę Socjologii i Doradztwa Rolniczego oraz Zakład Nauk Humanistycznych w Katedrę Nauk Humanistycznych, natomiast Katedrę Ekonomiki Rolnictwa i Katedrę Rolnictwa Światowego w Katedrę Ekonomiki Rolnictwa i Międzynarodowych Stosunków Gospodarczych.

W 2006 roku z Katedry Ekonometrii i Informatyki powstały dwie: Katedra Ekonometrii i Statystyki oraz Katedra Informatyki, zaś Laboratorium Komputerowe stało się jednostką ogólnowydziałową. Dnia 1 lipca 2006 roku uruchomiono Wydział Nauk Humanistycznych, zaś jego kadrę stanowili głównie byli pracownicy Katedry Nauk Humanistycznych. Pozostali na Wydziale pracownicy z tej katedry utworzyli Katedrę Ekonomiki Edukacji, Komunikowania i Doradztwa. Dnia 1 stycznia 2008 roku głównie na bazie Katedry Ekonometrii i Statystyki, Katedry Informatyki oraz Laboratorium Komputerowego utworzono Wydział Zastosowań Informatyki i Matematyki. W wyniku zmian struktury organizacyjnej macierzysty Wydział zmniejszył zatrudnienie prawie o połowę, zaś liczbę studentów o 1/3. Stał się bardziej zwarty merytorycznie, obejmując głównie problematykę ekonomiczną.

Z dniem 1 stycznia 2010 roku Katedra Polityki Agrarnej i Marketingu zmieniła nazwę na Katedrę Polityki Europejskiej, Finansów Publicznych i Marketingu.